در نیمه دوم سال 57 درس و مشق در مدارس نیمه تعطیل بود. مدیران یا انقلابی شده بودند و یا دیگر اقتدار سابق را نداشتند. معمولا دانش آموزان برخی مدارس به تشویق معلمان و یا تحت تاثیر فضای عمومی جامعه ، مدارس را تعطیل می کردند و به راه پیمایی های انقلابی ملحق می شدند.

روز سیزده آبان ده ها نفر از دانش آموزان دبیرستان های نزدیک دانشگاه تهران با تعطیل کردن کلاس‌های درس به سمت دانشگاه راهپیمایی و سر راه خود دبیرستان های دیگر را نیز تعطیل کردند. نزدیک دانشگاه ، سربازان ارتش با شلیک تیر هوایی و انفجار گاز اشک‌آور به مقابله با دانش‌آموزان پرداختند و آنها را متفرق کردند. دانش‌آموزان هم شعارهای «مرگ بر شاه» و «معلم به پا خیز محصلت کشته شد» سر دادند. سربازان در پیاده‌روی مقابل دانشگاه تا اطراف پارک دانشجو مستقر بودند و دانشجویان و مردم در محوطه‌ دانشگاه، پشت میله‌های سبز ، روبه‌روی سربازان شعار می دادند.

عقربه های ساعت، یازده صبح را نشان می داد ، قرار بود جمعیت که بیشتر آنها دانشجو بودند ، از دانشگاه به سوی منزل آیت‌الله طالقانی در پیچ‌شمیران راهپیمایی کند. آیت الله طالقانی و آیت الله منتظری روز نهم آبان از زندان آزاد شده بودند. مردم شعار می دادند و سربازان را دعوت می‌کردند تا به انقلاب اسلامی و مردم بپیوندند. بر اساس گزارش یک شاهد عینی ناگهان یک سرباز که تحت تاثیر قرار گرفته بود، واحد تحت فرماندهی خود را رها کرد و به سوی مردم دوید، افسر فرمانده به سوی وی شلیک کرد و در گیری آغاز شد. مردمی که غافلگیر شده‌بودند، پشت ماشین‌ها، درخت‌ها و در جوی کنار خیابان پناه‌ می‌گرفتند. عده‌ای مجروحین را به دانشکده پزشکی می‌رساندند. گروه‌های کوچکی از مردم و به خصوص دانش‌آموزانی که از جاهای مختلف به سوی دانشگاه می‌آمدند با شنیدن صدای تیراندازی به سوی دانشگاه دویدند. مرکز درگیری در محوطه ورودی دانشگاه جلوی سر در اصلی قرار داشت.

نظامیان وارد محوطه دانشگاه شدند و شروع به تیراندازی و انفجار گاز اشک‌آور کردند. دانش‌آموزان و دانشجویان برای خنثی کردن اثرات گاز اشک‌آور، مقوا و کاغذ و شاخه ها و برگهای خشک درختان را آتش زدند. گروه فیلم‌بردار تلویزیون دولتی، از تمام این اتفاقات فیلم‌ برداری کرد. کارکنان انقلابی تلویزیون در اقدامی شجاعانه فیلم درگیری های دانشگاه را همان شب در برنامه خبر، به مدت دو دقیقه نمایش دادند. پخش تصاویر تیراندازی ارتش به سوی مردم بی سلاح، بینندگان میلیونی تلویزیون را به شدت مبهوت و خشمگین کرد. گروه دیگری از تظاهرکنندگان در بیرون دانشگاه به سمت خیابانهای آناتول فرانس (قدس فعلی) و بزرگمهر حرکت کردند و شیشه‌های ساختمان حزب رستاخیز و نگهبانی برق دانشگاه را شکستند. در خیابان تخت‌جمشید (طالقانی فعلی) بانک صنایع و معادن مورد حمله تظاهرکنندگان قرار گرفت.

بعد از تیراندازی و خروج ماموران از دانشگاه و انتقال زخمی ها به بیمارستان، تظاهرکنندگان در خیابان های اطراف دانشگاه پلاکاردهایی مانند «دانشگاه شهید داد» و « شهادت 56 نفر در دانشگاه» سردست گرفتند و خبر درگیری و کشتار در دانشگاه را به اطلاع مردم رساندند. مقامات فرمانداری نظامی تهران اعلام کردند که در وقایع دانشگاه در روز 13 آبان ، هیچ‌کس کشته نشده تنها سه نفر مجروح شده‌اند. دکتر عبدالله شیبانی، رئیس وقت دانشگاه تهران گفت که درگیریهای روز 13 آبان تنها 14 مجروح بر جا گذاشته است. روزنامه کیهان به نقل از رادیو ایران، نوشت که تا ساعت 12 شب، دوازده نفر از مجروحانی که در بیمارستان پهلوی منتقل شده بودند درگذشته‌اند و حال دو نفر دیگر از آنها وخیم است. بنا به آمار بنیاد شهید انقلاب اسلامی در میان شهدای انقلاب تنها نام دو نفر به نام های مصطفی حاجی و سید مهدی سید فاطمی ثبت شده که تاریخ شهادتشان 13 آبان 1357 است. ( دایرة‌المعارف انقلاب اسلامی، سوره، حوزه هنری، 1389، ج 2) .

نمایندگان مجلس، سعی کردند، انتقادها را به سمت نخست‌وزیر وقت و دولت آشتی‌ ملی او جهت دهند، اما شاه همچنان در سیبل شعارهای مردم بود. حادثه 13 آبان 1357 پیامدهای سهمگینی برای حکومت شاه داشت روز 14 آبان تعدادی از ساختمان های دولتی، موسسات عمومی و اتوبوسهای شرکت واحد به نحو مشکوکی به آتش کشیده شد ، ماموران حکومت نظامی هم فقط نظاره می کردند. ابوالفضل قاضی، وزیر علوم و آموزش عالی، در اعتراض به کشتار دانش آموزان و دانشجویان در 13 آبان استعفا کرد. کابینه شریف امامی هم دو روز بعد و با عمری 70 روزه مجبور به استعفا شد و جای خود را به دولت نظامی غلامرضا ازهاری داد. شاه نیز در پیامی که در 15 آبان از تلویزیون پخش شد، گفت: «من صدای انقلاب شما ملت ایران را شنیدم». پیام شاه را مردم نشانه ضعف و زوال رژیم دانستند.

امام خمینی (ره) روز 14 آبان طی پیامی به ملت ایران از اقامتگاه خود در نوفل لوشاتوی فرانسه ، واقعه دانشگاه را محکوم کرد و شاه را مسئول تمام خرابیها و خیانتها دانست. ایشان ضمن دعوت مردم به صبر فرمود: «من از این راه دور چشم امید به شما دوخته‌ام ... و صدای آزادی‌خواهی و استقلال‌طلبی شما را به گوش جهانیان می‌رسانم.»